A première vue, les contrôles fiscaux portant sur le crédit impôt recherche sont restés stables en 2013 par rapport à 2012, une entreprise sur deux déclarant avoir fait l'objet d'une vérification au cours des cinq dernières années. Mais cette apparence cache une autre réalité, d'après une étude réalisée par Lowendalmasaï. En effet, l'administration fiscale a multiplié les contrôles a priori, au moment de la déclaration du CIR, le nombre de sociétés concernées étant passées de 8 % à 24 % ! Ainsi, en cumulant ces deux types de vérifications, ce ne sont pas moins de 80 % des entreprises qui ont été contrôlées sur une période de cinq ans.